El objetivo de la Fundación es respaldar esfuerzos dirigidos a encontrar respuestas viables a los problemas económicos, sociales e institucionales que postergan el desarrollo nacional, contribuyendo de esta manera al establecimiento de condiciones y mecanismos adecuados que permitan al país enfrentar con mayor determinación los retos del Siglo XXI en un marco de libertad, democracia y justicia social. Los estatutos de la Fundación Milenio definen los campos de acción de la institución.

Sobre este fundamento, y tomando en cuenta las prioridades nacionales, la Fundación concentra su atención en actividades vinculadas al fortalecimiento y la consolidación de la democracia representativa en Bolivia, promueve la modernización del Estado, y apoya los esfuerzos para lograr un desarrollo económico sustentable. Asimismo, realiza investigaciones y actividades orientadas a encontrar soluciones a los problemas de la sociedad boliviana en las áreas económica, social y política. La Fundación Milenio es un centro de pensamiento orientado a fortalecer la institucionalidad propia de una sociedad abierta democrática y proyectar a Bolivia en el contexto internacional.