En abril de 1990, se constituyó legalmente la Fundación Milenio, como una organización privada sin fines de lucro, concebida como un espacio de análisis y generación de propuestas creativas para la solución de los diversos problemas que postergan el desarrollo del país. Inició formalmente sus actividades en 1991, habiendo desde esa fecha apoyado constantemente la gestación del proceso de modernización institucional de Bolivia.

Así, comprometida con la construcción de un Estado de derecho y la inserción de Bolivia en los procesos de globalización, apoyó la consolidación democrática, con especial atención en las instituciones de este sistema político, como el Congreso Nacional y con la semilla de iniciativas tales como la Participación Popular, la Reforma Educativa y la Capitalización entre otras propuestas. También, aportó al fortalecimiento democrático y de sus instituciones, a través de la propuesta de Ley de Partidos Políticos; el análisis de los problemas y las soluciones emergentes de la aplicación del Artículo 60 de la nueva Constitución Política del Estado de 1994, y la propuesta de una nueva forma de representación, sustento para la elección de diputados uninominales. Trabajó en los fundamentos de la reforma de la Constitución Política del Estado en 1994. El resultado de dicha iniciativa se tradujo en la elaboración de un “Proyecto de Reforma a la Constitución Política del Estado”, base de la Reforma Constitucional de 1994. Nuevamente a fines de 1999 decidió asumir la responsabilidad de elaborar un nuevo proyecto de reforma constitucional. La propuesta constituyó uno de los documentos de trabajo para sustentar el nuevo proyecto de Constitución Política del Estado en 2002. En el ámbito del desarrollo sostenible, apoyó la realización de la Cumbre de Desarrollo Sostenible de Santa Cruz en 1996. Por otra parte, desde 1999 realiza una evaluación periódica sobre el estado del desarrollo sostenible en Bolivia, a través de los “Informes de Milenio sobre el Desarrollo Sostenible en Bolivia”. Realiza periódicamente evaluaciones de la coyuntura económica del país desde 1996, que se publican con el nombre de “Informes de Milenio sobre la economía”, consolidando un espacio de análisis y reflexión sobre el desenvolvimiento de la economía en Bolivia. Con ese mismo propósito, ha realizado evaluaciones en el ámbito político, dando lugar a la publicación de los “Informes de Milenio sobre el acontecer político en Bolivia”, desde el año 2000. Los balances de gestión en el ámbito político, tienen la finalidad de crear un espacio de reflexión y análisis para la toma de decisiones. También se realizaron investigaciones dirigidas a conformar un espacio de reflexión y de análisis sobre el estado de la situación de la educación superior en Bolivia. Asimismo se realizaron evaluaciones y se identificaron las tareas pendientes respecto de las reformas estructurales en la capitalización, en la reforma educativa y sobre la reforma de pensiones.