La Fundación Milenio ha financiado sus actividades, gracias al apoyo de varias instituciones internacionales, como:
Fundación Konrad Adenauer de Alemania. (Desde 1991)
National Endowment for Democracy de los Estados Unidos.
Fundación para el Desarrollo FUNDES de Suiza.
Georgetown University de los Estados Unidos.
Corporación Andina de Fomento.
Organización Panamericana de la Salud.
Fundación Futuro Latinoamericano del Ecuador.
Corporación Tiempo 2000 de Chile.
World Resources Institute de los Estados Unidos.
Instituto de Relaciones Europeo-Latinoamericanas de Europa.
Fondo Nacional para el Medio Ambiente de Bolivia.
Fundación Tinker de Nueva York.
Cooperación Canadiense
Programa del Instituto Neerlandés para la Democracia Multipartidaria (NIMD)